મેંગેનીઝ એ ફૂગજન્ય અને બેક્ટેરિયા દ્વારા થતા રોગ સામે પ્રતિકારકતા માટે પ્રચલિત છે. જેને લીધે મેગેનીઝને ઘણી ફૂગનાશકોમાં એક સક્રિય તત્વ તરીકે લેવામાં આવે છે. મેંગેનીઝની પૂર્તિ કરવાથી છોડમાં વધુ લીગ્નીન ઉત્પન્ન થાય છે કે જે વાનસ્પતિક રોગો જેવા કે મૂળના રોગો અને ભૂકીછારો જેવા રોગો સામે પ્રતિકારકતા પેદા કરવામાં મદદ કરે છે. છોડના મૂળ ભાગમાં રાઈઝોસ્ફીયર એ મેગેનીઝના પ્રબળ દહન માટે જાણીતો છે. જેને કારણે જમીનજન્ય રોગોનું પ્રમાણ વધે છે અને વધુમાં મેગેનીઝની ઊણપ પણ વર્તાય છે. મેંગેનીઝની ઊણપ સામે પ્રતિકારકશક્તિ ધરાવતી પાકની જાતો પાકમાં થતા રોગોને અટકાવે છે. આથી ફૂગજન્ય તથા બેક્ટેરિયા દ્વારા થતા પાકના રોગોને મેંગેનીઝ દ્વારા નિયંત્રીત કરી શકાય છે.