મેંગેનીઝની માફક, કોપર તત્વ એ છોડમાં ફિનોલીક પદાર્થો તથા લીગ્નીનના બંધારણમાં અગત્યનો ભાગ ભજવે છે, જેને કારણે ફૂગ તથા બેક્ટેરિયાના રોગજનક જીવાણુંઓ સામે છોડ પ્રતિકારકતા કેળવી શકે છે. કોપર રોગજનક માટે ઝેર છે અને ફૂગનાશક તરીકે પણ કાર્ય કરે છે. અંદાજે ૩૦ વર્ષ પહેલાં, કોપરની આ પ્રકારની અસર પુરવાર થયેલ છે. નીચલા વર્ગના છોડ માટે કોપરની ખૂબ જ ઓછી માત્રામાં જરૂરિયાત છે, જયારે વધારે સાંદ્રતાથી તે છોડમાં ઝેરી અસર પેદા કરી શકે છે. જમીનમાં કોપરની સુલભ્યતા વધારે હોય તો મૂળમાં તેનું શોષણ વધારે થાય છે. જયારે ઊણપવાળી જમીનમાં મૂળમાં ઓછી માત્રમાં કોપર હોવાને કારણે ફગ તથા બેક્ટેરિયાજન્ય રોગોનું પ્રમાણ વધારે જોવા મળે છે. ઊભા પાકમાં કોપર તત્વને છંટકાવના રૂપમાં ૦.૧ થી ૦.૨ર% ના દ્રાવણથી છંટકાવ કરવામાં આવે છે. પરંતુ રોગ નિયંત્રણ માટે ૧૦ થી ૧૦૦ ગણી વધારે માત્રામાં તેનો ઉપયોગ કરવામાં આવે છે. મોટેભાગે કોપરના ફૂગનાશક ગુણધર્મોને કારણે તે દવા તરીકે વધારે પ્રચલિત છે, નહીં કે ખાતરના સ્વરૂપમાં કારણ કે, જમીનમાં કોપરની પૂર્તિ કરવાથી મોટાભાગના કોપર તત્વનું જમીનમાં સ્થિરીકરણ થઇ જાય છે જેથી છોડને તાત્કાલિક સુલભ્ય થતો નથી અને અસર મોડી થાય છે.